para conseguires clonar tens defazer o que aqui diz
1º - Ao estares na Battle Frontier acede à Battle Tower. Para começares a processo deves estar com o Pokémon que queres clonar na tua Party Pokémon.
2º - Dentro da Battle Tower vai ao PC de lá, e deposita o Pokémon que queres colonar numa Box vazia.
3º - Depos faz Save no jogo.
4º - Ao fim de gravares, volta ao PC e mete o Pokémon que tinhas posto na Box à parte de novo na Party.
5º - Sais do PC e falas com a Sra. da porta Nº 6 da Battle Tower. Ao falares com ela, na primeira pergunta escolhe a opção CHALLENGE, na segunda OPEN LEVEL. Depois selecciona 2 Pokémons para o desafio. Um deles tem de ser o Pokémon que queres colonar.
6º - Vais ter de gravar. Inicia a gravação, mas a meio da mesma, desliga o GBA ou a DS (a gravação não pode chegar ao fim). Inicia novamente o jogo.
7º - Vais começar de novo na Battle Tower. Se vires a tua Party virás a Pokémon que colonas-te. Mas aí so está um. Acede ao PC, e na Party onde tinhas posto o tal Pokémon irá se encontrar o outro, o segundo, a cópia.
espero que isto vos ajude