Johto é a região onde está localizada a famosa Radio Tower. Os treinadores que vêm começar suas jornadas neste continente devem ir à Cidade de New Bark e pegar o seu pokémon inicial com o profº Elm. Aqui o treinador pode escolher os pokémons Chikorita, Cyndaquil ou Totodile para ser seu inicial. O treinador deverá colecionar 8 insígneas para entrar na liga desta região, que é realizada no Mt. Silver. O Continente Johto está localizado à esquerda de Kanto, fazendo fronteira com este continente.
New Bark Town (Cidade de New Bark): Cidade natal de Kenta (Jimmy). É aqui que fica o laboratório do profº Elm, onde devem vir os treinadores que começam uma jornada nesta região.
Cherrygrove City (Cidade de Cherrygrove): Uma cidade que é banhada pelo mar. Fica no caminho de New Bark.
Violet City (Cidade de Violet): Cidade da Torre Broto e do ginásio de pokémons voadores de Falkner.
Sprout Tower (Torre Broto): É uma torre que se encontra ao norte de Violet, lá vivem vários monges e Bellsprouts.
Ruins of Alph (Ruínas de Alfa): São as velhas ruínas onde os Unowns são vistos. Há várias inscrições nas paredes escritas nas linguagem Unown.
Union Cave (Caverna União): É uma caverna que existe antes da cidade de Azalea, ela tem várias passagens que podem levar às Ruínas de Alfa. Treinadores passam por ela para chegar a Azalea.
Azalea Town (Cidade de Azalea): Aqui encontra-se o ginásio de insetos de Bugsy. É aqui também onde podemos encontrar Kurt, o fabricador de pokébolas.
Ilex Forest (Floresta Ilex): É uma grande floresta, com vários pokémons insetos e voadores, e alguns planta. É o caminho que liga Azalea à Goldenrod. A lenda de Celebi é passada nesta floresta.
Goldenrod City (Cidade de Goldenrod): A maior e mais importante cidade do continente, onde se localiza a Radio Tower. Aqui encontramos o ginásio de Whitney dos pokémons normais.
Radio Tower (Torre de Rádio): É a grande torre que existe em Goldenrod. Ela faz transmissões de rádio para o mundo todo. O profº Carvalho participa de um programa aqui.
National Park (Parque Nacional): Local onde é realizado os concursos de captura de pokémons insetos. Aquele que capturar o melhor pokémon vence. As folhagens daqui formam uma pokébola visto de cima.
Ecruteak City (Cidade de Ecruteak): Lugar onde está o ginásio fantasma de Morty. Esta cidade esconde uma lenda dos cães lendários e de Ho-oh.
Tin Tower (Torre Tin): Torre por onde se esconde a lenda de Ho-oh. Lugia e Ho-oh viviam nas duas torres de Ecruteak, mas após uma ter sido queimada, ambas as aves se foram.
Burned Tower (Torre Queimada): Antes chamada de Brass Tower, esta torre foi queimada passando a ser Burned Tower. Depois desse acontecimento foram dispertados os cães lendários.
Moo Moo Farm (Fazenda Mu Mu): Uma grande fazenda onde é produzido leite de Miltank que é vendido para todo o mundo. Fica no caminho de Ecruteak para Olivine.
Olivine City (Cidade de Olivine): Nesta cidade está o ginásio de metálicos que pertence a Jasmine. Aqui também há um porto de navios e um farol que permanece aceso com a luz de um Ampharos.
Whirl Islands (Ilhas dos Redemoinhos): São pequenas ilhas rodeadas por redemoinhos. Existem rumores de que Lugia vive por aqui.
Cianwood City (Cidade de Cianwood): Uma cidade que parece estar numa espécie de ilha, aqui há uma farmácia onde fabricam remédios para pokémons doentes. Também há o ginásio de lutadores de Chuck.
Mt. Mortar (Monte Mortar): Há três entradas para uma mesma caverna aqui. Treinadores costumam vir para grandes treinamentos com seus pokémons. Fica entre Ecruteak e Mahogany.
Mahogany Town (Cidade de Mahogany): Uma cidade normalmente tranqüila. Pryce é líder do ginásio de pokémons de gelo que existe aqui.
Lake of Rage (Lago da Fúria): É um lago que está no topo do continente Johto. Aqui vivem vários Magikarps. Foi visto até um red Gyarados por aqui, o Lance da Elite 4 teve que vir resolver o problema.
Blackthorn City (Cidade de Blackthorn): É a cidade dos treinadores de dragões. Para chegar aqui é preciso antes passar pela caverna de gelo. Aqui também se encontra o ginásio de Clair e seus pokémons dragão.
Dark Cave (Caverna Negra): Uma caverna muito escura explorada por alpinistas. Tem uma saída perto de Blackthorn, outra perto de Violet e outra um tanto perto de Cherrygrove.
Tohjo Falls (Cachoeira Tohjo): É a cachoeira localizada à direita de New Bark que separa os continentes Johto e Kanto. À direita da cachoeira está Kanto, à esquerda, Johto.
Mt. Silver (Monte Prata): Local da liga pokémon deste continente. Os melhores treinadores vêm para a conferência de prata no pé da montanha.
OUTRAS CIDADES E LOCAIS
Na saga Johto, exibida na televisão, algumas cidades a mais surgiram neste continente, porém essas cidades não existem nos jogos. Isto ocorreu pelo fato de a Liga Johto ter sido esticada para ter 3 temporadas, e por isso inventaram novas cidades para ocorrer as histórias. Confiram abaixo as cidades e locais que só apareceram no anime. Há muito mais cidades, mas a lista abaixo contém apenas os mais importantes:
Curiosidade: Cherrygrove, cidade que no jogo fica entre New Bark e Violet City, não aparece no anime.
Entre New Bark e Violet City
Cidade Florama: É uma grande cidade, onde ocorre o Festival Florama. Neste festival ocorrem várias exibições com Pokémons. Esta cidade apareceu no episódio 122 (O Poder Floral).
Cidade Cattailia: Uma cidade com magníficas construções. Hà cem anos existiu nessa cidade um famoso ladrão conhecido por Aracnídeo Negro. Desde então, toda a polícia desta cidade usa Spinaraks, ao invés de Growlithes. Esta cidade apareceu no episódio 123 (O Caso do Aracnídeo Negro).
Cidade de Palm Hills: Uma cidade onde vivem vários astros, pessoas famosas e ricas. Foi neste episódio que surgiu um Snubbull que passou a perseguir a Equipe Rocket. Esta cidade apareceu no episódio 124 (Esnobando os Esnobes).
Cidade Feliz: Um lugarejo que apareceu no episódio 129 (A Ignorância é uma Blissey), onde uma Blissey atrapalhada cuida do Centro Pokémon.
Entre Violet City e Azalea Town
Vale Charicífico: Um grande vale montanhoso onde Charizards selvagens habitam. Os Charizards daqui são fortes porque vivem treinando entre si, e é aqui que o Charizard do Ash está até hoje. Este local surgiu no episódio 136 (O Desejo Ardente de Charizard).
Vale Floral: Apesar do nome de "vale", esta é uma cidade, porém com muita área verde. A água desta cidade vem direto das montanhas. Todo ano se realiza aqui o Festival Sunflora, onde se escolhe a melhor Sunflora em um concurso. A cidade apareceu no episódio 137 (Sorrir para Vencer).
Entre Azalea Town e Goldenrod City
Cidade Pamplona: Uma cidade costeira onde todo ano se realiza a Feira de Trocas Pokémon, onde treinadores trocam Pokémons entre si. Foi aqui que Jessy trocou seu Lickytung pelo Wobbuffet, sem querer. Outro evento que ocorre no mesmo dia é a Corrida dos Tauros, aonde quem conseguir tocar no cifre de um ganha um presente do prefeito. Há também uma arena para batalhas com Tauros. Esta cidade apareceu no episódio 148 (Os Truques do Negócio).
Entre Goldenrod City e Ecruteak City
Ruins of Alph (Ruínas de Alfa): Diferente dos games, onde este local fica depois de Violet City e é onde se encontra os Unowns, no anime as Ruínas de Alfa é um local onde são feitas escavações para procurar fósseis. Em um lago próximo foram encontrados Pokémons que eram considerados extintos, Omanite e Omastar. Este local apareceu no episódio 165 (O Parque dos Pokéssauros).
Cidade dos Wobbuffets: Esta cidade é como Azalea, mas ao invéz de Slowpokes, todos possuem e adoram Wobbuffets. Todo ano se realiza um festival em homenagem a eles (é incrível como o Ash sempre chega no dia certo dos festivais...). Esta cidade apareceu no episódio 175 (O Festival dos Wobbuffets).
Liga Pokémon de Planta: Perto de Ecruteak há um grande estádio onde se realiza uma Liga Pokémon não-oficial só com pokémons de planta. Como prêmio, o vencedor recebe um troféu e várias leaf stones. Este local apareceu no episódio 180 (Onde a Grama é Mais Verde).
Entre Ecruteak City e Olivine City
Montanha Remoraid: Aos pés desta montanha vivia a antiga tribo das árvores colossais, conhecidos como "Remoraidianos". Antigamente a região era uma floresta, mas devido ao desmatamento causado pela tribo o clima ficou bem árido. Um rio ressurge uma vez a cada 12 anos do topo da montanha, onde fica o Lago Remoraid. Este local apareceu no episódio 187 (Luzes Fantásticas).
Montanha de Neve: Este é um dos lugares mais frios de Johto. Um Articuno vive aqui, protegendo as pessoas dos perigos da montanha. Há um Centro Pokémon na base da montanha, que é o mais alto da região Johto. Este local apareceu no episódio 191 (A Foto Legendária).
Liga Pokémon de Fogo: Este local não chegou a ser exibido, mas foi apenas mencionado no episódio 192 (As Pedras Roubadas). Funciona do mesmo modo que a Liga Pokémon de Planta, ou seja, é um torneio onde participam somente Pokémons de fogo, e o vencedor ganha várias fire stones. No episódio acima, duas pessoas estavam levando essas pedras para o local, para que o torneio fosse realizado.
Cidade Pedra Branca: A cidade mais antiga de Johto, considerada uma cidade histórica. Ela tem esse nome pois as casas são todas pintadas de puro branco, parecendo que são de mármore. Um famoso pintor que usa Smeargles mora nessa cidade e possui sua própria exposição. Esta cidade apareceu no episódio 199 (A Arte dos Pokémons).